A Botanikus Kert kiemelten fontos természetvédelmi feladata a veszélyeztetett, védett növények megőrzése, mesterséges elszaporítása, visszatelepítési kísérletek folytatása.

A Kert 85 hazai veszélyeztetett fajt őriz, ill. mutat be. 

A Kert a Föld flórájából 250, a Nemzetközi Természetvédelmi Unió (IUCN) által veszélyeztetettnek minősített, “vörös könyves”fajt mutat be.

Célunk a változatos élő növénygyűjtemény fenntartása, fejlesztése, mely a hazai természetes flóra bemutatása mellett mérsékelt övi dendrológiai és évelő lágyszárú, továbbá valamennyi kontinenst képviselő trópusi, szubtrópusi növények gyűjteményéből áll.